Denis COMTET étudie l'orgue auprès de Gaston Litaize au Conservatoire de Saint-Maur-des-Fossés. Il étudie ensuite au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris où il obtient deux Premiers Prix : en orgue (dans la classe de Michel Chapuis), et en accompagnement au piano (dans la classe de Jean Koerner qui lui fait découvrir le répertoire contemporain). Il se forme ensuite à la direction d'orchestre en Italie auprès de Bruno Aprea.
Il fait aujourd'hui une triple carrière d'organiste, de chef de choeur et de chef d'orchestre.
En tant qu'organiste, il s'est produit en concert sur les principaux instruments de notre époque : à Notre-Dame de Paris, à l'auditorium Maurice Ravel de Lyon, à la cathédrale de Chartres, à Saint-Eustache, à l'auditorium de Radio France (nouvel instrument Gerhard Grenzing), à l'église Saint-Paul de Londres, à l'église Saint-Patrick de New-York. Il est régulièrement invité à jouer avec les formations musicales de Radio France : Maîtrise de Radio France, Chœur et Orchestre philharmonique de Radio France, et l'Orchestre national de France. Il a joué la Symphonie n° 3 de Saint-Saëns à la salle Pleyel de Paris, au Konzerthaus de Vienne, au Royal Festival Hall de Londres, au Suntory Hall de Tokyo, au Carnegie Hall de New-York. Il est titulaire du grand orgue de l'église Saint-François-Xavier à Paris.
Il devient chef associé du Chœur de chambre Accentus entre 2003 et 2007 qu'il dirige à la Cité de la musique, au Festival de Besançon, ainsi qu'à l'Ircam. Il a également fondé, sous l'impulsion d'Emmanuelle Haïm, le Chœur du Concert d'Astrée. Il été invité par la suite par le Chœur de chambre de Namur, le Chœur d'état de Lettonie, le Chœur de Radio France, le Chœur de la Radio de Stuttgart (SWR Vocal Ensemble) lors du Festival de Donaueschingen, et du Festival de Schwetzingen, le Chœur de la radio de Cologne (Westdeutscher Rundfunk), le Chœur de la radio de Leipzig (Mitteldeutscher Rundfunk), ainsi que le Rundfkunkchor de Berlin. En 2013, il entreprend une collaboration avec le RIAS Kammerchor qu'il prépare pour des productions avec orchestre (Berliner Philharmoniker) ou encore pour des créations (Disputatio de Pascal Dusapin en 2015).
En 2002 il est nommé sur concours chef assistant de l'Ensemble intercontemporain où il collabore avec Pierre Boulez, Péter Eötvös, Jonathan Nott, Heinz Holliger. Il dirige ensuite l'Orchestre de l'Opéra de Rouen, l'Orchestre national de Lille, l'Orchestre du Festival de Dartington, l'Orchestre du Concert d'Astrée, l'Orchestre de Dijon-Bourgogne, l'Orchestre National de Lettonie, l'Orchestre symphonique de la SWR de Baden-Baden et Fribourg-en-Brisgau, le Philharmoniker-Staatsorchestrer de la Staatskapelle de Halle lors du Festival Haendel. Au théâtre il a dirigé la Messe en Ut mineur de Mozart (Théâtre des Champs-Elysées de Paris), les Lamentations de Helmut Lachenmann (Cité de la Musique de Paris), Der Mond de Carl Orff (Amphithéâtre de l'Opéra Bastille), La Petite Renarde rusée de Leoš Janáček (Opéra de Lille), Pierre et le Loup de Serge Prokofiev (Opéra de Rouen, Besançon), les Nouvelles Aventures de György Ligeti (Capitole de Toulouse, Grand Théâtre de Bordeaux), l'Opéra de Lune de Brice Pauset (Opéra de Dijon). Il est par ailleurs directeur du festival international de musique de chambre Ars Terra depuis 2011.
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